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Biologie

Pourquoi le test SARS-COV-2 R-GENE®, un test PCR à haute sensibilité, développé et produit en France, répond-il aux enjeux de la pandémie COVID-19?


Rédigé par Rédaction le Jeudi 30 Avril 2020 à 17:01 | Lu 971 fois


“SARS-COV-2R-GENE est un test PCR “ouvert”, réalisable sur plusieurs types de machines d’extraction et d’amplification par PCR, qui permet d’effectuer des analyses en série afin de tester un grand nombre de patients à la fois. Il fournit un résultat en 4-5 heures”, explique le Dr Martine Joannes, directrice de la R&D, des projets et du marketing Biologie Moléculaire (Offre ARGENE SOLUTION®).



Le Dr Martine Joannes
Le Dr Martine Joannes
Dans un contexte de crise sanitaire où une ‘course contre la montre’ s’est accélérée depuis le 11 mars 2020 (“le nouveau coronavirus est désormais une ‘pandémie’, OMS) pour développer et produire des tests de diagnostic fiables en un temps record, bioMérieux laboratoire français et acteur majeur dans le diagnostic des maladies infectieuses, a mobilisé ses experts dès le mois de janvier 2020. Il aura fallu moins de 2 mois depuis la prise de décision jusqu’à l’entrée en stock pour mettre au point et développer un test pour détecter le SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de COVID-19.

La société ARGENE, acquise par bioMérieux en 2011, spécialisée dans la détection de pathogènes viraux depuis plus de 20 ans, confirme son rôle majeur dans cette mission de santé publique. 

La gamme ARGENE® pour la détection des pathogènes par PCR

Installée à Verniolle en Ariège, aux pieds des Pyrénées, ARGENE a développé des outils dédiés au diagnostic de maladies infectieuses. « Notre gamme de tests est orientée sur le suivi de patients immunodéprimés et ayant reçu une greffe. Nous avions lancé toute une gamme de trousses de détection par RT-PCR de différents pathogènes, afin de pouvoir suivre les infections ou les rejets d’organes », précise Martine Joannes, cofondatrice de la société.

ARGENE développe en effet des produits référents dans leur domaine, comme le CINAkit qui permet la détection d’antigènes lors d’infections à cytomégalovirus. Elle met aussi au point les premiers tests de biologie moléculaire, avec la détection du pCytomegalovirus et du virus d’Epstein Barr, et des tests de suivi de charge virale pour les virus BK, B19 et HHV6 les patients ayant reçu une greffe.

Très vite, ARGENE anticipe la place que va prendre la biologie moléculaire et l’importance des techniques d’amplification génomique dans la recherche et dans l’identification des virus

La société développe alors en 2008, une gamme de tests diagnostiques respiratoires qualitatifs dont un test pour la détection des Coronavirus endémiques. « Nous devions être flexibles et proposer des kits de détection adaptés à la saisonnalité des virus respiratoires. Des kits qui puissent répondre aux besoins des laboratoires spécialisés des centres hospitaliers », explique Martine Joannes. L’idée prospère et induit le développement de « liens forts » entre ARGENE et les laboratoires de référence de virologie du monde entier, sensibles à la qualité de ses innovations. 

En 2011 bioMérieux fait l’acquisition d’ARGENE créant ainsi une impulsion supplémentaire dans le développement de la biologie moléculaire. « Nos clients ne recherchaient plus seulement des tests diagnostiques, mais des offres automatisées avec des appareils d’extraction et d’amplification de l’ADN, car leurs volumes de tests devenaient plus importants. Avec bioMérieux, l’offre ARGENE permettait de répondre à ces nouveaux besoins : réactifs, instruments et middleware” en intégrant l’instrumentation », explique Martine Joannes.

Un kit générique de détection des coronavirus endémiques

 « Lorsque leSARS-CoV-2 émerge en fin d’année dernière, tous les ingrédients sont déjà réunis pour mettre en place rapidement son test diagnostique »affirme Martine Joannes.

En 2012, un virus respiratoire fait son apparition pour la première fois en Arabie Saoudite. Baptisé MERS-CoV pour ‘Coronavirus du Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient’, il touche le tractus respiratoire et provoque fièvre et toux, entraînant la mort dans presque 30 % des cas d’infection. « Lors de cet épisode, et pour faciliter la validation R&D et la détection de futurs pathogènes émergents, nous avons opté pour la fabrication d’un kit générique, contenant l’ensemble des réactifs génériques nécessaires pour amplifier et contrôler le process d’amplification de tout pathogène associé à un couple d’amorces et sondes spécifiques du MERS-CoV... Mais en changeant simplement le couple d’amorces et sondes nécessaires à l’amplification du MERS-CoV, il nous était possible de détecter de nouveaux pathogènes ».

Une démarche réfléchie, innovante et visionnaire qui allait bientôt prouver sa justesse. Ainsi, lorsque le SARS-CoV-2 émerge en fin d’année dernière, tous les ingrédients sont déjà réunis pour mettre en place rapidement un test de diagnostic. Le kit générique est déjà à disposition. « Il ne restait qu’à optimiser la sélection des régions à amplifier dans le génome de ce virus et les conditions de PCR en temps réel (RT-PCR) », affirme Martine Joannes. Pour autant, ce n’est pas une mince affaire, car le temps est compté.

« Pour gérer les développements que nous avions en cours, et aller au plus vite, nous avons opté pour la solution la plus efficace : travailler avec un groupe restreint de spécialistes dédié ayant participé au développement du test générique et de l’ensemble de la gamme, afin de sélectionner au plus vite et de manière optimale, les amorces du nouveau test SARS-CoV-2», explique-t-elle. L’équipe choisie est multidisciplinaire. Elle regroupe des experts du design de nucléotides, des spécialistes des phases de développement/validation et des personnes expérimentées dans le management de projets. « Il y a eu un grand élan de solidarité entre les équipes »,se souvient l’experte, émue. 

Un nouveau kit prêt à répondre à la crise du COVID-19

Quelques semaines après l’apparition du virus, plusieurs séquences génomiques du virus sont rapidement publiées. L’Hôpital universitaire de la Charité à Berlin développe alors un premier test diagnostique basé sur de la PCR quantitative dès janvier 2020. Il sera distribué par l’Organisation mondiale de la Santé. « De notre côté, chez bioMérieux, nous avons réalisé les alignements de séquences virales dans les bases de données disponibles et sélectionné des régions à amplifier en fonction de nos propres critères. Pour la gamme R-GENE® nous avons, en effet, un programme d’amplification unique pour toutes les PCRafin de pouvoir gérer en parallèle la recherche de différents pathogènes dans un même run », précise Martine Joannes. 

L’équipe opte alors pour un test de détection par RT-PCR du SARS-CoV-2, basé sur la réalisation de deux PCR : « deux couples d’amorces ont été choisis au sein des gènes viraux N et RdRp du SARS-COV-2, et un troisième couple est spécifique des coronavirus SARS-COV, SARS-like-viruses, SARS-COV2, afin de suivre d’éventuelles recombinaisons. Des amorces pour un contrôle cellulaire permettent également de vérifier la qualité du prélèvement », détaille la spécialiste. 

Le kit, dénommé SARS-COV-2 R-GENE®,permet de réaliser 120 réactions (RT-PCR spécifiques ou génériques) et 30 génériques sur la base de prélèvements de sécrétions nasopharyngées. 
 

Les performances et l’efficacité du test validées par le CNR (Centre National de Référence) des virus respiratoires aux Hospices Civils de Lyon (HCL), associés aux unités de recherche de l’Institut Pasteur

 « Après calibration par PCR digitale, il s’avère que notre trousse a une limite inférieure de détection de 380 copies/mL pour les trois RT-PCR et que la RT-PCR sur le gène N soit encore plus sensible que les deux autres, livre Martine Joannes. Quant à la spécificité, nous avons testé de nombreux paramètres respiratoires, et elle est aussi très bonne ».

Disponible depuis le 23 mars dernier en version RUO, marqué CE depuis le 10 Avril, ce nouveau kit très sensible de détection du SARS-Cov-2-19 a été livré aux laboratoires de virologie des hôpitaux qui figurent sur la liste d’autorisation du Ministère de la Santé.

Parallèlement au marquage CE, l’équipe ARGENE a lancé une demande d’autorisation d’utilisation urgente (EUA-Emergency Use Authorization) à la FDA (Food and Drug Administration). « Le dossier est en cours, explique la responsable des projets ARGENE. Nous avons réalisé les essais de la trousse SARS-COV-2 R-GENE, conformément aux recommandations de la FDA, et les résultats sont bons. Nous envisageons selon les délais d’enregistrement auprès de la FDA une mise sur le marché de ce test EUA pour la fin avril », conclut Martine Joannes.






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