Leader européen de la recherche, de l’enseignement et des soins sur les maladies génétiques, l’Institut Imagine est l’une des rares structures au monde à rassembler dans un même lieu médecins, chercheurs et patients. Situé au cœur du campus Necker-Enfants malades (AP-HP), il allie, dans une approche novatrice, recherche fondamentale avec 28 équipes de renommée internationale, recherche clinique et soins, avec des partenaires industriels et des start-up, pour que les avancées sur les maladies génétiques soient plus rapides, plus tangibles et mieux valorisées. Plus de 7 000 maladies génétiques sont recensées à ce jour ; elles touchent 3 millions de personnes en France, avec 30 000 nouveaux cas diagnostiqués chaque année. Ces maladies chroniques, invalidantes, parfois graves et évolutives, représentent la première cause de mortalité infantile dans les pays développés. Pourtant, la moitié des patients n’a pas encore de diagnostic, et 85% des malades diagnostiqués n’ont pas de traitement spécifique. C’est donc un enjeu de santé publique majeur.  « Chaque année, plus de 30 000 patients consultent à Imagine dans l’espoir de donner un nom à la maladie dont souffre leur enfant, et ensuite y trouver un traitement. S’engager aux côtés d’Imagine, c’est un pas de plus vers la guérison de ces enfants. Mais c’est aussi rejoindre un mouvement pionnier et unique qui participe à la découverte scientifique et peut changer des millions de vie. En cherchant pour chaque enfant, les scientifiques œuvrent pour tous. Imagine nous offre la chance de construire un futur pour ces enfants et aussi d’écrire ensemble la médecine de demain, main dans la main avec les meilleurs chercheurs et les meilleurs médecins », soulignent Anne et Henri de Castries, les Présidents de la Campagne Grands Donateurs.
 

« Aujourd’hui à Imagine, la recherche est à la croisée des chemins : les meilleures expertises scientifiques et médicales mondiales sont physiquement rassemblées autour du patient, à un moment où les transformations technologiques permettent de bouleverser l’état de la science et découvrir ainsi de nouveaux traitements. Les fonds levés par Imagine depuis sa création ont été le catalyseur du développement de l’Institut. Pour pouvoir aller plus vite, et encore plus loin, un minimum de 40 millions d’euros est nécessaire. C’est la raison d’être de cette campagne, qui doit permettre de financer des projets autour de trois grands axes », explique le Pr Stanislas Lyonnet, Directeur de l’Institut Imagine. À travers ces projets, Imagine doit en effet recruter de nouveaux talents scientifiques parmi les meilleures équipes internationales, faire l’acquisition d’équipements de dernière génération, et mettre en œuvre ses programmes d’excellence dans les six domaines d’intégration scientifique et médicale dont l’Institut a fait ses priorités. Ces projets doivent permettre d’offrir les meilleures conditions de recherche, de ne laisser aucun enfant en situation d’errance diagnostique sans soutien, avec comme objectifs de doubler le nombre de diagnostics et de doubler le nombre des enfants ayant accès à un essai thérapeutique, de 15 % à 30 % des enfants diagnostiqués aujourd’hui d’ici 2026.

Article publié dans l'édition de décembre 2021 d'Hospitalia à lire ici.
 

La plateforme Dr. Warehouse est de plus en plus présente dans les hôpitaux. À quels besoins répond-elle ? 
Arthur Delapalme : Tout est parti d’un constat : l’hôpital produit une quantité exponentielle de données médicales, mais le nombre de découvertes médicales issues de ces données stagne. Cela s’explique car les données sont morcelées entre différents logiciels et/ou inscrites sous la forme de données textuelles difficilement exploitables par les équipes de recherche. Dr. Warehouse permet justement de rassembler ces informations en les structurant de façon conforme et sécurisée, afin de faciliter leur réutilisation. Son fonctionnement s’apparentedonc à celui d’un moteur de recherchequi valorise, pour la recherche médicale, ce trésor dormant au sein des hôpitaux.

Combien de temps faut-il pour intégrer Dr. Warehouse dans un système d’information hospitalier ? 
Quelques jours voire quelques semaines suffisent en moyenne à rendre Dr. Warehouse opérationnel sur un établissement. Aujourd’hui une vingtaine de publications scientifiques citent notre logiciel et onze hôpitaux ainsi qu’un groupe de cliniques ont intégré notre solution dans leurs programmes de recherche ou de suivi, que ce soit pour un service, une thématique ou une pathologie.

Justement, lors de la crise sanitaire, vous avez adapté votre solution aux enjeux soulevés par le Covid-19.
Au CH de Troyes, nous avons en effet pu développer une réponse adaptée en une semaine seulement. Basée sur le traitement des données de l’établissement, elle a permis d’établir un tableau de bord efficace et fiable, recensant les cas, leurs parcours et leurs états de santé. Cette crise a montré l’importance d’une exploitation fiable et rapide des données médicales, pour apporter des réponses aux questions critiques que se posent les établissements de santé.


Plus d'informations sur le site de Dr. Warehouse. 

Parallèlement à la création d’un entrepôt de données pour la zone Champagne-Sud, le Centre Hospitalier de Troyes, dans l’Aube, a choisi la solution proposée par Dr. Warehouse pour le traitement et l’analyse de ses données. Travaillant déjà avec l’entreprise pour la mise en place de dashboards (tableaux de bord), notamment dans le cadre du suivi des patients atteints du Covid-19, l’établissement a souhaité continuer à travailler avec les équipes de Dr. Warehouse « pour leur connaissance et leur expertise dans la gestion de bases de données, dont des bases de données de l’AP-HP », confie Stéphane Sanchez, responsable de l’Information Médicale et adjoint au responsable du pôle territorial Santé Publique & Performance du CH.« Leur réactivité et leur capacité d’analyse des données textuelles et sémantiques sont un plus pour la mise en place de projets au sein de notre établissement », ajoute David Laplanche, responsable du pôle territorial Santé Publique & Performance. Au cœur de la démarche : la volonté de mettre en place, d’ici le début de l’année 2021, deux projets d’analyse et de prédiction des durées moyennes de séjour et de ré-hospitalisation.« Notre partenariat avec Dr. Warehouse sur le traitement des données est essentiel afin de nous permettre, à terme, de faire émerger des outils d’optimisation du parcours patients et de suivi sur le long terme », conclut Stéphane Sanchez. 

Pourquoi la réponse individuelle à l'infection par le virus SARS-CoV-2 varie-t-elle autant d’une personne à l’autre ? Résoudre ce mystère est l’un des principaux enjeux pour répondre à la crise sanitaire en identifiant les patients à risque. Des chercheurs de l’Inserm, d’Université de Paris et de l’AP-HP à l’Institut de recherche Imagine (hôpital Necker-Enfants malades AP-HP), et de l’Université Rockefeller et du Howard Hughes Medical Institute à New York en collaboration avec l’équipe dirigée par le Pr Guy Gorochov au Centre d’Immunologie et des Maladies Infectieuses (Sorbonne Université/Inserm/CNRS), ont, apporté une première réponse à cette question. L’équipe franco-américaine, dirigée conjointement par Jean-Laurent Casanova et Laurent Abel, a identifié les premières causes génétiques et immunologiques expliquant 15 % des forme graves de Covid-19. Publiés dans la revue Science, cette étude met en lumière un point commun entre les malades : un défaut d’activité des interférons de type I, molécules du système immunitaire qui ont normalement une puissante activité antivirale. 

Mis en place dès le début de l’épidémie, le consortium international Covid Human Genetic Efforts’est rapidement intéressé à des patients atteints de formes sévères de la maladie. « En ciblant leur recherche sur des mécanismes spécifiques de l’immunité – la voie des interférons (IFN) de type I qui sont de puissantes molécules antivirales – les chercheurs ont mis en évidence chez certains patients des anomalies génétiques qui diminuent la production des IFN de type I (3-4% des formes graves). Chez d’autres patients, ils ont identifié des maladies auto-immunes qui bloquent l’action des IFN de type I (10-11% des formes graves) », explique l’Inserm. 
Le premier article publié dans Science décrit ainsi des anomalies génétiques chez des patients atteints de formes sévères de Covid-19 au niveau de 13 gènes déjà connus pour régir la réponse immunitaire contrôlée par les IFN de type I contre le virus grippal. « La principale conséquence de ces mutations est un défaut de production des IFN de type I », constate l’étude. Quel que soit leur âge, les personnes porteuses de ces mutations sont donc plus à risque de développer une forme potentiellement mortelle de grippe ou de Covid-19. « Un moyen simple et rapide de détecter certains de ces sujets à risque pourrait être le dosage sérique des IFN de type I par la technique ultra-sensible d’ELISA digitale utilisée pour ce travail par l’équipe de Guy Gorochov au Centre d’Immunologie et des Maladies Infectieuses », continue l’Inserm, avant d’ajouter que « la prise précoce d’IFN de type 1 chez ces patients pourrait être une piste thérapeutique ». 
 

Dans la seconde étude également publiée dans Science, les chercheurs montrent la présence à taux élevé dans le sang d'anticorps dirigés contre les IFN de type I, capables de neutraliser l’effet de ces molécules antivirales, chez les personnes atteintes de cas sévères de Covid-19. « Ces auto-anticorps sont retrouvés chez plus de 10 % des patients développant une pneumonie grave par infection au SARS-CoV2 », constate l’étude. « D’une manière intéressante, ils ont pu être retrouvés bien avant la pandémie chez certains patients suivis de longue date à AP-HP et Sorbonne Université pour d’autres pathologies », ajoute l’Inserm qui constate également que ces auto-anticorps « sont absents chez les personnes qui développent une forme bénigne de la maladie et sont rares dans la population générale ». Empêchant les IFN de type I d’agir contre le virus SARS-CoV2, ces anticorps dirigés contre le système immunitaire « témoigne probablement d’autres altérations génétiques qui sont en cours d’étude ». « Qu’il s’agisse de variants génétiques qui diminuent la production d’IFN de type I pendant l’infection ou d’anticorps qui les neutralisent, ces déficits précèdent l’infection par le virus et expliquent la maladie grave. Ces deux publications majeures mettent donc en évidence le rôle crucial des IFN de type I dans la réponse immunitaire contre le SARS-CoV2 », concluent Jean-Laurent Casanova et Laurent Abel.