Yannick Le Guen a commencé sa carrière comme professeur de mathématiques puis a travaillé pour le groupe Michelin à Ashikaga (Japon). A sa sortie de l’ENA en 2002, il est nommé chef du bureau du financement de l’hospitalisation privée au ministère de la santé, avant de prendre en 2006 la direction administrative et financière des laboratoires de l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA). Sous-directeur de l’hospitalisation et de l’organisation des soins entre 2008 et 2010, il rejoint la direction générale de l’offre de soins en 2010 en qualité de sous-directeur du pilotage de la performance des acteurs de l’offre de soins.

La Direction de la stratégie comprend un pôle « Études » (animé par le docteur Claire Pachaud), un pôle « Systèmes d’information de santé » (animé par le professeur Eric Lepage depuis le mois de février), le Pôle efficience du système de santé (animé par Laëtitia MESSNER). La Direction de la stratégie accompagne la préparation du PRS2, des Schémas Directeurs des Systèmes d’Information et de l’Innovation (SDSII) et soutient les autres directions dans leurs travaux d’analyse, de prospective et d’évaluation.