L’analyse génomique rapide représente un atout majeur pour l’orientation diagnostique thérapeutique et se révèle importante pour un nombre croissant d’indications médicales. Dans certains cas, les informations génétiques sont nécessaires de manière urgente, c’est le cas notamment pour la prise en charge d’enfants en souffrance néonatale ou ayant des malformations pour limiter l’errance diagnostique, dans des cas de greffe rénales pour améliorer la compatibilité donneur /receveur...ou encore en cancérologie ou maladies rares pour orienter les traitements.

Le séquençage haut débit SHD (également appelé séquençage nouvelle génération) est devenu le gold standard pour ce type d’analyse. Bien que les délais aient été nettement raccourcis, l’attente des résultats reste longue, anxiogène et potentiellement délétère pour la mise en route rapide d’un traitement adapté. En France, l’analyse du génome complet nécessite plusieurs semaines voire quelques mois pour l’obtention des résultats. Pourtant des situations ou le diagnostic génétique rapide peut aider la prise en charge diagnostique et l’orientation thérapeutique sont de plus en plus fréquentes. C’est le cas de la souffrance néonatale ou le « fast-exome » permet d’établir un diagnostic dans près de 40% des cas. De la même façon en cas de cancer métastatique ou de site primitif inconnu, des panels de gènes très étendus sont devenus nécessaires à l’orientation thérapeutique (recommandations européennes de l’ESMO, Mosele 2024, Annals of oncol).

Des techniques de séquençage de troisième génération sont en cours de développement pour réduire les délais. Ainsi, dans le cancer du sein, l’étude TURBO vise à valider le test Ultra Rapid BRCA1/2 à visée thérapeutique qui permet d’obtenir le résultat en une semaine. « La connaissance du statut BRCA1/2 est aujourd’hui requise pour orienter le traitement chirurgical et médicamenteux d’un cancer du sein au diagnostic » explique le Pr Pujol, co-investigateur de cette étude (clinical.gov, NCT06111417). « C’est la raison pour laquelle les nouvelles recommandations américaines ASCO 2024, Bedrosian JCO 2024), conseillent de proposer le test génétique à toutes les patientes de moins de 65 ans atteintes d’un cancer du sein».

Les scientifiques de deCODE genetics et leurs collègues de la Direction de la Santé islandaise et de l'Hôpital Universitaire National ont publié, le 16 avril 2020, dans le “New England Journal of Medicine“ une étude populationnelle de la propagation précoce du virus SARS-Cov-2 (à l'origine de la maladie Covid-19) en Islande.

L'objectif de cette étude a été de fournir une vue aussi complète que possible de la manière dont le virus se propage dans une population, en l'occurrence ici les 360 000 Islandais, avec la mise en œuvre de mesures de dépistage précoce massives, de mesures de suivi et d'isolement pour contenir l'épidémie. Les résultats montrent qu'environ 0,8 % de la population générale est infectée par plusieurs souches ou clades viraux, ce qui confirme la crainte que des porteurs du virus, asymptomatiques, propagent la maladie.

Cette étude suggère que si les efforts du système de santé publique ont été efficaces jusqu'à présent pour atténuer la propagation, davantage de données, y compris celles issues d’un dépistage massif de la population, seront essentielles en Islande pour maitriser l’impact de ce virus sur le long terme.

L'étude s'appuie sur un dépistage ciblé et un dépistage global de la population de plus de 60 000 tests/million au 4 avril, date d’arrêt de collecte des données pour cette étude ; depuis, 4 000 tests/million ont été effectués en Islande chaque jour. Les autorités sanitaires islandaises ont commencé à tester les personnes revenant de zones à haut risque (principalement des stations de ski dans les Alpes) et présentant des symptômes probables début février, un mois avant d'identifier la première infection par le SARS-Cov-2 le 28 février. Au 4 avril, ces dépistages ciblés avaient permis d'identifier 1221 cas positifs parmi 9199 personnes présentant des symptômes et leurs contacts. Tous les cas confirmés ont été isolés et leurs contacts ont été retrouvés et mis en quarantaine à domicile pendant 14 jours.

En complément de ce dépistage et pour donner une idée de la propagation du virus dans la population générale, deCODE a commencé le 13 mars à tester les volontaires qui s'étaient inscrits pour un dépistage gratuit. Jusqu’au 1er avril, 10 797 personnes ont été dépistées dans ce cadre, 87 (0,8 %) ont obtenu un résultat positif. Du 1er au 4 avril, 2 283 personnes supplémentaires sélectionnées au hasard ont été dépistées, dont 13 (0,6 %) se sont révélées positives. L'analyse des données combinées des différents dépistages suggère que les enfants et les femmes sont, en général, un peu moins sensibles à l'infection par le SARS-Cov-2 que les hommes et les adultes.

"En tentant de cartographier soigneusement l'épidémiologie de COVID-19 au niveau moléculaire en Islande, nous espérons fournir au monde entier des données à utiliser dans l'effort collectif mondial pour freiner la propagation de la maladie", a déclaré Kari Stefansson, PDG de deCODE genetics et auteur principal de l'article.

deCODE a séquencé le virus à partir de 643 individus et a dressé un arbre généalogique des différents haplotypes (variants génétiques) trouvés. L'analyse des données de séquençage révèle que les haplotypes du virus détectés lors des premiers tests ciblés étaient presque entièrement du clade A2 provenant d'Autriche et d'Italie, introduit en Islande avec les personnes revenant de vacances au ski. En revanche, les cas identifiés dans les tests ciblés plus récents et dans le dépistage de la population de deCODE montrent que divers haplotypes du clade A1 prépondérant dans des pays tels que le Royaume-Uni étaient devenus plus courants, et qu'il y a maintenant une large et croissante variété d'haplotypes présents dans la population.

Cela suggère que le virus est entré en Islande en provenance de nombreux pays, y compris ceux qui étaient alors considérés comme à faible risque. Actuellement, 291 mutations ont été trouvées dans le pays, sans avoir été identifiées ailleurs. L'une des utilités du séquençage du virus est qu'il permet de suivre les contacts et les infections supplémentaires provenant de cas confirmés. Ces données, et le fait que la majorité des nouvelles infections proviennent de personnes déjà en quarantaine, soulignent l'efficacité générale des efforts de santé publique pour identifier et isoler ces contacts et contrôler davantage la propagation du virus.

"Pour infléchir la courbe de cette pandémie le plus rapidement possible, nous avons besoin d'informations scientifiquement précises sur la manière dont le COVID-19 se propage dans les communautés, a déclaré Robert A. Bradway, Président Directeur Général d'Amgen. Je pense que la réponse rapide de deCODE à cette urgence et les informations qu'elle a générées donneront au reste du monde une base scientifique plus solide pour les décisions de santé publique".