Ces équipements d’excellence illustrent le soutien constant du gouvernement vis-à-vis de l’innovation médicale, en l’occurrence du séquençage à très haut débit du génome humain, qui fonde notamment la médecine dite « personnalisée ».
 
Conçu en lien avec AVIESAN, pilote du plan « Médecine France génomique 2025 », l’appel à projets s’adresse aux établissements de santé et aux industriels, dès lors que les candidats présentent une organisation pilote ouvrant le séquençage à très haut débit à un grand nombre de patients.
 
La structuration des plateformes et leur insertion dans le parcours de santé feront l’objet d’une évaluation en matière de bénéfice clinique apporté aux patients et d’efficience pour l’offre de soins.

Les dossiers déposés seront expertisés et sélectionnés par un comité scientifique international, dont les conclusions sont attendues d’ici juin 2017.
 
« Grâce au plan Médecine France génomique 2025, la France s’engage fortement dans la révolution de la médecine personnalisée. Demain, pour soigner de manière adaptée au capital humain de chacun, nous avons besoin de connaître aujourd’hui le génome de chaque individu », a déclaré Marisol Touraine.
 

Cette initiative s’inscrit dans le cadre d’un partenariat de plusieurs années entre Dell, Gustave Roussy et sa Fondation. Ainsi, Dell a généreusement offert ce cluster à la Fondation Gustave Roussy dont l’objectif est de financer la recherche contre le cancer menée à l’Institut.
 
« C’est de loin le projet le plus ambitieux que nous ayons réalisé avec Gustave Roussy, réputé pour traiter les cas rares de cancers et pour son expertise européenne en recherche médicale. En mettant les supercalculateurs de Dell au service de la recherche contre le cancer, nous allons pouvoir accélérer les processus de recherche en laboratoire afin de trouver des traitements adaptés à des cas jusqu’alors inconnus », déclare Marc Mendez-Bermond, HPC Solutions Expert, Dell.

Développé conjointement par les chercheurs de Gustave Roussy et les experts de Dell, ce projet informatique d’envergure s'appuie sur la puissance de calculs intensifs fournis par des équipements HPC et destiné à découvrir de nouvelles formes de cancers et à analyser leur impact en matière d'altération du génome, ainsi que leur évolution.
 
Les altérations du génome se caractérisent par une lésion cellulaire, qui provoque une mutation de l’ADN qui génère ensuite une protéine déficiente. S'ensuit une cascade d'événements qui peuvent aboutir à la formation d'une tumeur. Ainsi, l'objectif du groupe de travail de Gustave Roussy en charge de ces recherches était de pouvoir identifier rapidement les altérations du génome sur des tissus sains ou atteints, d'en extraire les séquences ADN et d’isoler les mutations, le tout dans un référentiel d'étude donné.
 
Ce référentiel NGS (Next Generation Sequencing) repose sur un workflow d'analyse précis et nécessitant un équipement informatique conséquent afin d’analyser la masse de données produites.
 
« Le cancer commence toujours par une altération du génome, due à différents facteurs (pollution, UV, mode de vie, vieillissement, hérédité etc.). C’est sur ce cas précis que les systèmes Dell vont nous aider à optimiser la vitesse et l’efficacité des analyses de séquences d’ADN pour identifier les altérations génomiques », explique Daniel Gautheret, Professeur à l’Université Paris Sud.
 
Mis en service depuis 3 mois, le supercalculateur Dell de type Dell Genomic Data Analysis Plateform a permis d'analyser les séquences d'une vingtaine de tumeurs pédiatriques dans le cadre des essais cliniques BIOMEDE et MOSKIDO menés à Gustave Roussy par le Dr Grill et le Pr Soria, offrant de nouvelles perspectives de recherche.

Après avoir étudié les besoins et les limites techniques de ce projet, Dell a proposé à Gustave Roussy une gamme de solutions HPC complète, reposant sur des équipements serveurs, réseaux et stockage.
 
Tout au long du workflow NGS, permettant d’obtenir une cartographie de l’ADN, les opérations génèrent une très importante quantité de données. Disposées sur une solution de système de fichiers parallèle et basée sur des baies hautes performances Dell PowerVault MD d’une capacité totale de près de 220To, les données sont ensuite analysées, et des rapports d’analyses statistiques sont produits, fournissant les indications sur les mutations du génome.
 
La puissance de calcul nécessaire aux études est fournie par 16 serveurs Dell PowerEdge R630 et un serveur Dell PowerEdge R820, offrant une infrastructure haute performance facilitant l’accès, le traitement et la gestion des données génomiques volumineuses.

Dell France et Gustave Roussy entrent dans la sixième année de leur partenariat technologique commencé en 2009, dans le cadre du programme mondial « Powering The Possible – Pediatric Cancer Care » de Dell. Depuis, Dell France soutient le Département de Cancérologie de l’Enfant & de l’Adolescent de Gustave Roussy dans le but d’améliorer la vie de ces patients, et de fournir un matériel informatique moderne à l’ensemble du corps médical.
 
L’architecture HPC de Dell installée à Gustave Roussy entre dans le cadre de ce partenariat.
 
La mobilisation de Dell pour la recherche sur le cancer pédiatrique ne s’arrête pas là. La structure philanthropique du groupe, Dell Global Giving, organise une opération inédite de mobilisation de ses employés pendant le mois de septembre. 98 000 personnes sont invitées à marcher, courir, pédaler pour soutenir la recherche sur le cancer des enfants.
 
Dell contribue financièrement en faisant, pour chaque participant inscrit, un don qui sera reversé à trois institutions dans le monde qui œuvrent pour la génomique dont Gustave Roussy en Europe.