L’analyse des séquences du génome bactérien et les caractéristiques des cas, survenus préférentiellement chez des adultes de sexe masculin, suggèrent que ces souches, originaires d’Asie du Sud, se propagent notamment chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes. Ce constat devrait être pris en compte par les cliniciens et les laboratoires dans le cadre des consultations pour infections sexuellement transmissibles (IST), avec pratique d’un antibiogramme systématique en cas d’isolement d’une Shigelle pour une meilleure prise en charge des patients infectés par ces souches hautement résistantes. Ces résultats ont été publiés dans la revue Nature Communications  le 26 janvier 2023.

La shigellose est une maladie diarrhéique très contagieuse, dont la transmission est oro-fécale. Parmi les différents types de Shigella, Shigella sonnei est le type majoritaire qui circule dans les pays industrialisés ou en cours d’industrialisation. Les infections à Shigella sonnei peuvent entrainer une diarrhée de courte durée (3-4 jours) cédant spontanément. Un traitement antibiotique devient cependant nécessaire pour les cas modérés à sévères (diarrhée sanglante, risque de complications) ou pour stopper la transmission entre les personnes dans des contextes épidémiques. L’acquisition par la bactérie de mécanismes de résistance aux antibiotiques limite alors les options thérapeutiques.

Dans cette étude, les scientifiques du Centre national de référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella (CNR-ESS) à l’Institut Pasteur, montrent une augmentation de la résistance aux antibiotiques chez les souches de S. sonnei isolées en France depuis 17 ans. L’étude se base sur l'analyse de plus de 7 000 souches de S. sonnei et d'informations épidémiologiques recueillies dans le cadre de la surveillance nationale des shigelloses par le CNR-ESS entre 2005 et 2021. Pour cette surveillance le CNR-ESS analyse toutes les souches bactériennes adressées par son réseau de laboratoires partenaires privés ou publics, répartis sur tout le territoire français. Au cours de cette période, des souches dites hautement résistantes aux antibiotiques (ou XDR pour extensively drug-resistant) ont été identifiées pour la première fois en 2015. Puis, les scientifiques ont constaté que la proportion de ces souches XDR, résistantes à quasiment tous les antibiotiques recommandés pour le traitement de la shigellose, a augmenté de façon importante jusqu'à atteindre un pic en 2021 : 22,3% de toutes les souches de S. sonnei étaient hautement résistantes cette année-là (correspondant à 99 cas).

Une analyse par séquençage génomique a révélé que toutes ces souches XDR françaises appartenaient à une même lignée évolutive devenue résistante à un antibiotique clé (la ciprofloxacine) vers 2007 en Asie du Sud. Puis, ces souches ont acquis dans plusieurs régions géographiques du monde, dont la France, différents plasmides* codant pour la résistance à d'autres antibiotiques de première ligne (azithromycine et céphalosporines de troisième génération notamment). Pour les cas sévères, les seuls antibiotiques restant efficaces sont les carbapénèmes ou la colistine qui doivent être administrés par voie intraveineuse, ce qui rend le traitement plus agressif avec un suivi plus complexe en milieu hospitalier.

Ces souches XDR ont été observées en France dans différents contextes : chez des voyageurs revenant d'Asie du Sud ou d'Asie du Sud-Est, au cours d’une épidémie dans une école en 2017 (plus de 90 cas ayant conduit à la fermeture de l'école ; le cas initial revenait d’un voyage en Asie du Sud-Est), ou chez des hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH). Ces derniers ont été contaminés par un clone épidémique qui diffuse en Europe depuis 2020 mais également retrouvé en Amérique du Nord et en Australie. Ce sous-groupe de souches XDR circulant chez les HSH était majoritaire : il représentait 97 % des souches XDR en France en 2021.

La fréquente utilisation des antibiotiques dans les régions d’Asie du Sud et du Sud-Est d’une part, et les traitements répétés d’infections sexuellement transmises chez certaines personnes potentiellement exposées à ce risque d’autre part, augmentent le risque de la sélection de ces souches de Shigella hautement résistantes.

Des études restent nécessaires pour mieux connaitre les différentes formes cliniques de cette infection et s’il existe en particulier des formes asymptomatiques permettant une plus grande dissémination de la bactérie. Des essais thérapeutiques sont également indispensables pour identifier des antibiotiques efficaces par voie orale pour traiter ces souches de Shigella hautement résistantes.

> Plus d’informations sur la shigellose, lire la fiche d'information.
> Bulletin d’information de l’OMS du 22 mars 2022 : Infections à Shigella sonnei ultrarésistantes – (Royaume Uni et Irlande du Nord)

(*) Molécule d’ADN indépendante du chromosome bactérien et se répliquant de façon autonome.

Rapid emergence of extensively drug-resistant Shigella sonnei in France, Nature Communications, 28 janvier 2023

Sophie Lefèvre, PharmD, PhD (1), Elisabeth Njamkepo PhD (1), Sarah Feldman MD, MPH (2), Corinne Ruckly (1), Isabelle Carle (1), Monique Lejay-Collin, BSc (1), Laëtitia Fabre, PhD (1), Iman Yassine, PhD (1), Lise Frézal, PhD (1), Maria Pardos de la Gandara, MD, PhD (1), Arnaud Fontanet, MD, PhD (2), François-Xavier Weill, MD, PhD (1)

(1) Institut Pasteur, Université Paris Cité, Unité des Bactéries pathogènes entériques, Centre National de Référence des Escherichia coli, Shigella et Salmonella, Paris, F-75015, France
(2) Institut Pasteur, Université Paris Cité, Unité Epidémiologie des maladies émergentes, Paris, F 75015, France
Current affiliation of Sarah Feldman: National Institute for Antibiotic Resistance and Infection Control, Ministry of Health, Tel-Aviv Sourasky Medical Center, Tel Aviv 6423906, Israel.

Se pose aussi la question des solutions à mettre en œuvre pour faire face au problème. Selon ces experts, malgré leurs nombreux appels à garder sur le marché des antibiotiques efficaces aucune action n'a été entreprise en ce sens par les états. La création d'un groupe de travail international multidisciplinaire pourrait être une première étape du plan d'action. Il est urgent que les gouvernements exigent plus de transparence de l'industrie pharmaceutique sur les unités de production et les chaînes d'approvisionnement.
 
Les autorités nationales et internationales doivent collaborer pour assurer une production en continu, une gestion des stocks et la distribution de ces antibiotiques essentiels à l'échelle mondiale. C'est une urgence pour continuer à bénéficier des bienfaits des traitements antibiotiques essentiels pour traiter au quotidien les patients atteints d'infections bactériennes, conclut le professeur Céline Pulcini, infectiologue au CHRU de Nancy et à l'Université de Lorraine. 
 
+ d'informations : article paru dans The Lancet.
 

La France est l’un des pays les plus prescripteurs d’antibiotiques en Europe et la consommation en Île-de-France est supérieure de 8% par rapport à la moyenne nationale. Chaque année en France, 158 000 infections et plus de 10 000 décès sont attribuables à des bactéries multi-résistances (BMR). Ces BMR apparaissent très facilement dans la flore digestive des patients traités par des antibiotiques couramment prescrits en médecine de ville. Une antibiothérapie est initiée toutes les six consultations en médecine générale et près de 90% des antibiothérapies sont initiées en ville. 
 
Face à ces constats, l’ARS Île-de-France a souhaité mettre en place un outil pour permettre aux médecins de ville exerçant dans la région d’optimiser leurs prescriptions d’antibiotiques. Suite à un appel à candidatures, elle a choisi l’association Antibioclic, déjà à l’initiative du site https://antibioclic.com, pour concevoir cet outil. 
 
Ainsi, de nouveaux services ont été développés sur le site https://antibioclic.com  et sont regroupés sous le nom d’Antibioclic+.

Antibioclic+ fournit un conseil en antibiothérapie de premier recours adapté à la médecine de ville et conforme aux recommandations nationales avec des fonctionnalités additionnelles s’articulant autour de 4 thématiques :
 
- Aide à la prescription : 
> Algorithme d’aide à la prescription dans les infections urinaires, à partir des données microbiologiques
> Possibilité d’édition d’ordonnances
> Calcul de dose pour la population pédiatrique
- Aide à la non-prescription d’antibiotiques : délivrance de fiches d’information à destination des patients en cas de non-prescription.     
- Optimisation du parcours de soin : mise à disposition d’un annuaire téléphonique direct des infectiologues exerçant à proximité.
- Formation des médecins : système de e-learning et lettres d’information régulières.

Antibioclic+ est un service gratuit dédié aux médecins de ville exerçant en Île-de-France. Il nécessite une inscription avec ses coordonnées professionnelles sur https://antibioclic.com.
 
Ce dispositif sera expérimenté pendant un an en Île-de-France.
 
De nombreuses données en vie réelle seront collectées permettant une analyse anonymisée : 
·         des prescriptions d’antibiotiques en ambulatoire, 
·         de l’impact de la plateforme sur les prescriptions, 
·         de l’épidémiologie des infections urinaires à BMR en ville,
·         de la satisfaction des utilisateurs de la plateforme. 
 
Des premiers résultats sont attendus pour fin 2018.

Financé par l’ARS Île-de-France, ce projet  est coordonné et évalué par le Dr Tristan Delory et le reste du comité de pilotage d’Antibioclic, le Centre de Pharmaco-épidémiologie de l’AP-HP, l’INSERM U1136 équipe 1, et le Service Etude Analyse et Statistique de la Direction Régionale du Service Médical de L’Assurance Maladie. 

Antibioclic / Antibioclic+ est élaboré par un comité d'experts constitué de cliniciens, enseignants et épidémiologistes (Dr Pauline Jeanmougin, Dr Jean-Pierre Aubert, Pr Élisabeth Bouvet, Dr Sylvie Lariven, Dr Josselin Le Bel, Dr Xavier Lescure, Dr Philippe Lesprit, Dr Tristan Delory) et un web designer (M. Gunther Groenewege). Son développement se fait en partenariat avec la Société de Pathologie Infectieuses de Langue Française, l’Université Paris Diderot et son Département de Médecine Générale, et le Service de Maladies Infectieuses et Tropicales de l’hôpital Bichat de l’AP-HP.
 
Le comité :

• Émet des préférences thérapeutiques parmi les différentes molécules proposées par les recommandations, toujours justifiées, en fonction de données de résistance bactérienne, de coût, de facilité de prise, ou de tolérance.
• A choisi la durée de traitement la plus courte quand les recommandations proposaient des durées imprécises.