En combinant leurs prédictions avec des données immunologiques, les chercheurs ont observé qu'Omicron et d'autres variants sont enrichis en mutations dans des positions dangereuses dans le domaine de liaison au récepteur (receptor binding domain) de la protéine Spike. Celle-ci joue un rôle central dans la liaison, la fusion et l'entrée du virus dans les cellules hôtes humaines, et est la cible principale des thérapies par anticorps et du développement de vaccins. Cette observation peut contribuer à orienter la conception de nouveaux vaccins ou de thérapies par anticorps qui combattront les futurs variants du SARS-CoV-2 en ciblant des positions moins mutables mais immunogènes.
Si l'article se concentre sur le SARS-CoV-2, les résultats peuvent également être considérés comme preuve de concept de l'applicabilité à de potentielles futures épidémies causées par de nouveaux pathogènes viraux. Les prédictions étant réalisées à partir d'un seul génome de l'agent pathogène et de données préexistantes provenant de bases de données génomiques publiques, elles peuvent être disponibles à un stade très précoce d'une éventuelle épidémie, avant que de grandes quantités de données observationnelles ou expérimentales ne soient disponibles. Ainsi, les méthodes proposées aident à prévoir la variabilité future et à focaliser notre attention sur les régions les plus à risques.
Référence : Epistatic models predict mutable sites in SARS-CoV-2 proteins and epitopes, Juan Rodriguez-Rivas, Giancarlo Croce, Maureen Muscat and Martin Weigt, PNAS, January 2022
DOI : 10.1073/pnas.2113118119
(1) Laboratoire biologie computationnelle et quantitative (LCQB)
(2) Ces travaux ont été financés par la faculté des Sciences et Ingénierie de Sorbonne Université, dans le cadre de
l’appel à propositions Covid-19, lancé conjointement avec la faculté de Médecine.