Lors de chaque prise en charge ou de participation à un essai clinique, des données médicales et administratives associées au patient, comme des comptes rendus d’hospitalisation, des résultats de biologie ou d’analyses d’imagerie sont créées et collectées. Utilisées conformément à la règlementation sur la protection des données personnelles et en l’absence d’opposition du patient, ces données permettaient déjà aux Hospices Civils de Lyon d’exercer leur mission de Centre Hospitalier Universitaire (CHU), en réalisant et soutenant une recherche et un enseignement innovants, au bénéfice direct des pratiques médicales, paramédicales et des patients.

Désormais, les données administratives, et médicales des patients des HCL, ainsi que les données professionnelles des acteurs de santé impliqués dans leur prise en charge, seront regroupées au sein d’une base unique appelée "Entrepôt de données de santé" (EDS). Véritable coffre-fort numérique, l’EDS se présente comme une plateforme centralisée et sécurisée dédiée à la collecte, à l’organisation et au stockage des données issues des systèmes d'information du CHU. La constitution de cet entrepôt ouvre de nouvelles perspectives pour la recherche médicale, en permettant une meilleure compréhension des maladies et de leurs évolutions. Il contribuera également à l’optimisation de l’organisation des soins et des politiques de prévention et de dépistage, ainsi qu’au pilotage de l’activité.

Cette dynamique portée par les HCL, soutenue par l’État dans le cadre de la stratégie "Santé Numérique" du plan France 2030, s’inscrit dans la continuité du projet régional DataHubHOURAA (D2H) coordonné par le Groupement de Coopération sanitaire HOURAAA. Mené en partenariat avec les CHU de Clermont-Ferrand, Grenoble Alpes et Saint-Étienne, ce projet vise à installer, de manière native, un EDS identique dans chaque CHU. Le projet prévoit la mise en commun, facilitée et en toute sécurité, de données de santé selon les projets associant différents centres, portés par les équipes. En atteignant une masse critique de données, il favorisera le développement d’études multicentriques, accélèrera la recherche et l’innovation, et renforcera la qualité des soins ainsi que le pilotage hospitalier, au bénéfice direct des patients et de la communauté médicale.

La transparence au service de la confiance

Les Hospices Civils de Lyon rendent accessible au grand public l’ensemble des études menées à partir de données de santé, via un portail de transparence accessible depuis leur site internet. Cette initiative vise à illustrer la manière dont les données de santé, collectées au quotidien, sont valorisées au service de la recherche tout en contribuant à renforcer la confiance entre chercheurs, professionnels de santé et patients.
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L'organisation et les dispositifs techniques dédiés à l’EDS assurent la protection des données, la confidentialité des informations et le respect de votre vie privée. L'EDS est conforme au le Règlement Général sur la Protection des Données (RGPD) et à la Loi du 6 janvier 1978 dite « Loi Informatique et Libertés » modifiée, qui impose de strictes mesures de sécurité informatique. Il a fait l’objet d’une demande d’autorisation auprès de la Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL), avant à sa mise en œuvre.

Les informations sont traitées de manière strictement confidentielle et sécurisée grâce à leur pseudonymisation. Cela signifie que les informations nominatives telles que les noms et prénoms sont remplacées par un code aléatoire. Cela permet aux chercheurs d’utiliser les données pour améliorer la qualité des soins, sans possibilité d’identification des personnes concernées.

Conformément au RGPD et à la Informatique et Libertés, chaque patient peut faire valoir son droit à s’opposer au versement de ses données dans l’EDS. Cette démarche peut être effectuée à tout moment, sans justification et sans impact sur la prise en charge médicale.

C’est la première fois en France qu’un entrepôt de données de santé est conçu spécifiquement pour l’ophtalmologie, à partir de l’activité clinique d’un établissement hospitalier. L'EDS des 15-20 regroupera les données cliniques de près de 700 000 patients, suivis parfois depuis plus de 10 ans. Il s’appuie sur des millions d’éléments issus de la pratique quotidienne : consultations, examens ophtalmologiques et biologiques, diagnostics, actes médicaux, prescriptions et séjours d’hospitalisation.

Les chercheurs et les médecins pourront avoir accès en quelques clics à plus de 40 millions de données cliniques spécifiques à l’ophtalmologie (mesure de l’acuité visuelle, pression intraoculaire, prescriptions, etc. ), plus de 5 millions de résultats d’analyses biologiques, ainsi que des informations sur les plus de 20 000 hospitalisations annuelles de l’établissement.

« Chaque jour, les services des 15-20 produisent une quantité considérable d’informations. Jusqu’à présent, elles étaient dispersées dans différents logiciels. L’EDS va simplement permettre de les regrouper », explique le Dr Marie-Caroline Clément, médecin de santé publique et responsable du projet.

Cet EDS transforme des données issues du soin en un outil opérationnel pour la recherche médicale. Concrètement, il permet de :
- Identifier rapidement les patients éligibles à des essais cliniques ou à de nouveaux traitements ;
- Constituer des cohortes rétrospectives de grande ampleur, à partir de données de vie réelle, pour mieux comprendre les maladies oculaires et leur évolution ;
- Aider au diagnostic, en particulier pour les pathologies ophtalmologiques rares ou complexes, en s’appuyant sur des cas similaires déjà pris en charge.


L'impact est déjà tangible : là où il fallait auparavant plusieurs semaines pour identifier manuellement quelques dizaines de patients éligibles à un essai clinique, l’EDS permet désormais de le faire en quelques heures, avec une exhaustivité et une précision accrue. L'EDS constitue également un levier majeur pour mieux encadrer et valoriser les projets de recherche, notamment ceux portés par les internes et les jeunes médecins. En consolidant plusieurs années de soins dans un même environnement, l’Entrepôt de Données de Santé devient une véritable mémoire collective au service de la recherche ophtalmologique et de l’amélioration continue des pratiques médicales.

La protection des données des patients est un pilier fondamental du projet.

L'EDS des 15-20 :
- Ne contient que des données pseudonymisées, sans information directement identifiable ;
- Est hébergé exclusivement sur les serveurs sécurisés de l’hôpital ;
- Fait l’objet d’une analyse d’impact et d’une déclaration auprès de la CNIL.

L'accès aux données est strictement encadré. Tout projet de recherche fait l’objet d’une évaluation par l’équipe EDS, puis d’un examen par un comité scientifique et éthique pluridisciplinaire, réunissant soignants, chercheurs, experts en éthique, représentants des patients et membres indépendants.

Toutes les personnes prises en charge à l’hôpital au cours des vingt dernières années sont concernées par l’EDS. Elles en seront informées via : le livret d’accueil, les convocations et comptes rendus, un affichage dédié dans l’hôpital, une page d’information détaillée sur le site web. Les patients peuvent, à tout moment, s’opposer à l’utilisation de leurs données, que ce soit pour toutes les études ou pour une étude en particulier. Le Portail de transparence leur permet également de consulter les recherches en cours, d’exercer leurs droits d’accès, de rectification ou d’opposition, conformément au RGPD.

Développé en étroite collaboration avec l’entreprise Codoc, et avec le soutien de l’IHU FOReSIGHT pour la vision, l’Entrepôt de Données de Santé des 15-20 illustre une nouvelle manière de faire progresser la recherche, fondée sur la confiance, la rigueur scientifique et la valorisation responsable des données de santé. Pour le Dr Clément, les bénéfices de la mise en commun des données sont clairs : « En partageant les informations dans un environnement de confiance, on fait progresser la connaissance. Les données ne peuvent pas être utilisées contre les patients, mais bien pour eux ».

Pourriez-vous revenir sur votre parcours et expliquer ce qui vous a conduit à initier ce projet au CHPC ? 

Dr Jérémy Pasco : Médecin de santé publique, j’ai effectué mon clinicat au CHU de Tours, où j’ai participé au déploiement de l’entrepôt de données eHOP, utilisé dans plusieurs CHU de l’Ouest. Ce projet m’a passionné, mais j’en ai aussi mesuré les limites : il s’agit d’une solution très puissante, mais aussi exigeante en termes de ressources pour son déploiement et sa maintenance. Cela m’a amené à m’interroger sur la capacité des hôpitaux plus modestes à se doter d’outils similaires. Or l’enjeu est crucial : pour que les études en vie réelle soient véritablement représentatives, il est essentiel qu’elles ne se limitent pas aux patients pris en charge dans les grands centres universitaires. Les établissements de plus petite taille accueillent une population aux profils différents et donc complémentaires. Leur absence des bases de données hospitalières limite la portée des recherches menées à partir de ces entrepôts.

Vous avez ensuite quitté l’hôpital… 

J’ai alors travaillé trois ans comme consultant en data, hors du champ médical. Cela m’a permis de découvrir comment de grands groupes industriels structuraient et exploitaient d’énormes volumes de données de manière très efficace, avec des approches bien différentes du monde hospitalier. Inspiré par ces méthodes, j’ai souhaité tester une solution plus agile dans un établissement aux ressources plus restreintes. C’est ainsi que j’ai intégré le CHPC avec le défi de créer un entrepôt de données fonctionnel en six mois, sans financement ni équipe dédiée au projet. Finalement, il a été opérationnel en seulement trois mois.

Comment avez-vous procédé ?  

Le projet a bénéficié d’un fort soutien institutionnel dès le départ, ce qui a facilité la collaboration, notamment avec la Direction des systèmes d’information (DSI) et les équipes techniques. Nous avons donc pu nous appuyer sur les bonnes personnes et obtenir immédiatement tous les accès nécessaires. Un autre atout réside dans la taille humaine du CHPC, qui permet un dialogue plus direct avec les différentes directions. 

Avez-vous dû mettre en place des dispositifs techniques spécifiques ?

Oui, nous avons fait un choix assez radical, en n’utilisant pas les standards classiques d’interopérabilité. À la place, nous avons développé nos propres connecteurs en interface directe avec les bases de données applicatives, ce qui nous a permis de contourner les limites traditionnelles imposées par les flux interapplicatifs, tels que les problèmes d’exhaustivité. Une fois les données extraites, nous avons mis en place un système de stockage conforme au référentiel EDS de la CNIL. L’entrepôt était prêt dès l’été 2022, mais nous avons attendu la déclaration règlementaire et la campagne de communication interne et externe, avant de lancer les premiers projets. Lors de la première commission en décembre 2022, nous avons réalisé que les porteurs de projets potentiels étaient ceux qui avaient participé à la conception de l’EDS. Contrairement aux CHU où la culture de la donnée est bien ancrée, il nous fallait entamer un travail de sensibilisation auprès des praticiens pour faire émerger une dynamique d’usage. 

Vous avez ensuite fait évoluer le projet avec la conception d’un deuxième entrepôt sous forme virtuelle. Pourquoi cette décision ?  

Nous avons rapidement compris que, grâce à nos connecteurs maison, nous pouvions extraire les données à la demande, sans alimenter en permanence une base de données massive. D’où l’idée d’un entrepôt virtuel : une structure vide, qui ne se remplit que lorsqu’un projet l’exige, avec uniquement les données nécessaires. Une telle approche combine les avantages d’un entrepôt classique – centralisation, accès unifié, conformité – tout en évitant ses inconvénients : complexité, lourdeur, exposition aux risques de sécurité. Cette évolution, non planifiée au départ, s’est révélée décisive.

L’EDS est-il aujourd’hui utilisé au quotidien ?

Absolument. Il est devenu un outil précieux pour le pilotage décisionnel, avec plusieurs dizaines de requêtes par jour. Nous avons d’ailleurs acquis un cluster de calcul pour intégrer des IA de type LLM, ce qui nous permet d’exploiter les données en interne, sans les envoyer à des tiers. Par exemple, sur plusieurs milliers de comptes-rendus médicaux non structurés, l’IA identifie en un instant des diagnostics qui n’auraient pas été codés dans le PMSI. Ce type d’analyse accélère la production de rapports, la préparation de dossiers pour l’ARS et les réflexions stratégiques. 

L’entrepôt sert-il aussi à la recherche ? 

Oui, même si le nombre de porteurs de projets scientifiques reste à renforcer. Mais notre Unité de Recherche clinique et Innovation s’étoffe : nous sommes passés de 5 à 8 personnes, avec des collaborations internationales, notamment avec des universités américaines. Un tiers des services de l’établissement sont désormais impliqués. Nous avons aussi développé des outils puissants, comme le screening automatique, qui détecte en temps réel les patients correspondants aux critères d’une étude. Cela nous a permis de multiplier par dix le nombre d’inclusions dans certains projets.

Un exemple concret ?  

Nous travaillons actuellement sur un système de prédiction de la tension hospitalière, c’est-à-dire la saturation des services. L’idée est d’utiliser l’IA pour analyser des données médicales et paramédicales textuelles, et ainsi anticiper les mouvements de patients jusqu’à 48 h à l’avance, pour simuler l’adéquation entre l’offre et la demande en lits. L’objectif est de prévenir les blocages avant qu’ils ne deviennent critiques, notamment en période épidémique. Notre preuve de concept est déjà opérationnelle : nous pouvons traiter 40 documents par seconde grâce à un cluster de calcul. Nous cherchons maintenant à renforcer cette capacité pour élargir notre champ d’action.

Avez-vous prévu d’autres évolutions de l’EDS pour les années à venir ?  

Nous réorientons notre stratégie. De notre point de vue, l’entrepôt de données, dans sa forme traditionnelle, perd progressivement de sa pertinence. Avec les nouveaux modèles d’IA de type LLM, désormais compacts, performants et peu coûteux, il est possible d’analyser directement les données brutes avec une précision sémantique inédite. Ce qui coûtait des millions il y a trois ans seulement, est aujourd’hui réalisable pour quelques milliers d’euros. Notre priorité est donc de concevoir un extracteur de données capable d’alimenter massivement ces IA, afin de gagner en performance par rapport aux entrepôts classiques. Cette évolution, née d’une contrainte de moyens, nous pousse vers des solutions plus agiles, plus simples à maintenir et mieux tournées vers l’avenir.

> Article paru dans Hospitalia #70, édition de septembre 2025, à lire ici 

Il s’agit d’un outil dédié à la recherche sur le cancer. Autorisé par la CNIL, Harmonie centralise les données cliniques issues des bases de données de vie réelle d’Unicancer et les données médico-administratives de plus de 3 millions de patients atteints de cancer (sein, poumon ou ovaire) pris en charge en France depuis 2008. Les données seront actualisées et complétées chaque année jusqu’à 2030.

L’entrepôt Harmonie (Health dAta to fosteR Meaningfull ONcologIc Evaluations) a pour vocation de mettre à disposition de la communauté scientifique et médicale des données exhaustives, robustes et de haute qualité. Il combine les données longitudinales et profondes de grands programmes Unicancer (CANTO, ESMÉ et ODH) aux données médico-administratives hospitalières (PMSI), de remboursement des soins par l’Assurance maladie (SNIIR-AM) et des causes médicales de décès (CépiDC) issues du Système national des données de santé (SNDS). Harmonie offre ainsi un cadre inédit pour décrire et analyser l’histoire naturelle des cancers, les parcours de soins, les stratégies thérapeutiques et leur impact médico-économique. Cet outil constitue un levier majeur pour orienter la recherche, accélérer l’innovation et améliorer la prise en charge des patients.

« Au-delà de l’innovation méthodologique, Harmonie facilite la réalisation d’études en vie réelle. En documentant les parcours de soins et l’impact médico-économique des cancers, il contribue directement à l’optimisation des prises en charge et met la puissance des données au service de la recherche et des patients », déclare Jean-Yves Blay, président d’Unicancer.

• Richesse et profondeur des données : jusqu’à 20 années de données consolidées et plus de 500 variables par patient. Les informations couvrent des dimensions cliniques, thérapeutiques et médico-économiques, permettant des analyses longitudinales fines et multicritères.
• Innovation et méthodologies avancées : Harmonie ouvre la voie à la création d’algorithmes innovants pour identifier des sous-populations, générer des bras contrôle synthétiques, analyser les parcours de soins et conduire des études médico-économiques. Ces approches renforcent la diversification des études en vie réelle et soutiennent l’évaluation de nouvelles stratégies thérapeutiques.
• Ouverture et accès sécurisé : accessible aux chercheurs académiques comme aux industriels, l’EDS Harmonie garantit un environnement sécurisé, respectueux des droits des patients et conforme à la réglementation, conciliant confidentialité des données et valeur scientifique.

 
Ces atouts sont également au service d’une recherche plus accessible et rapide : « Avec Harmonie, Unicancer renforce sa contribution à la recherche et à l’amélioration de la prise en charge des patients atteints de cancer. La simplicité des procédures et l’appui personnalisé de nos équipes Data garantissent un accès rapide aux données pour les études », souligne Sophie Beaupère, déléguée générale d’Unicancer.

La première alimentation, prévue à l’automne 2025, intègrera les données de plus de 3 millions de patients, chainées aux 193 000 patients suivis dans les programmes Unicancer. Cette étape marquera un tournant, permettant de lancer des analyses d’ampleur sur l’évolution des cancers, l’impact des traitements et de nourrir l’évaluation des produits de santé pour les autorités compétentes.

« Associer pour la première fois des données cliniques longitudinales et de qualité aux données du SNDS ouvre un nouveau chapitre dans l’exploitation des données en oncologie en France. Les premiers projets, académiques ou industriels, peuvent dès à présent être soumis à Unicancer et bénéficier d’un accompagnement par nos experts dans un cadre de mise en œuvre optimal. », ajoute Anne-Laure Martin, directrice Data et Partenariats chez Unicancer.

Cette autorisation, délivrée le 25 avril 2025 (délibération DT-2025-005 concernant la demande n°22236583), est une étape majeure pour le CHU de Poitiers dans son engagement à développer la recherche.

L’entrepôt de données de santé (EDS) est une nouvelle infrastructure qui centralise les données pseudonymisées des patients en toute sécurité et va permettre de faire avancer la recherche. Grâce à cet outil, les professionnels de la santé et les chercheurs pourront réutiliser les données de santé afin d’améliorer la qualité de la prise en charge des soins des patients et répondre aux grands enjeux de santé publique pour le bénéfice des populations.

L’entrepôt de données de santé a été conçu pour assurer la confidentialité, la protection et la sécurité des données personnelles des patients. Les données sont stockées sur des serveurs localisés sur le site du CHU de Poitiers, dans un espace réservé aux seuls professionnels habilités. Afin de respecter le secret médical, les données collectées dans l’EDS sont pseudonymisées, c’est-à-dire qu’aucune donnée identifiante n’y est présente (nom, prénom, adresse ou numéro d’identification patient, notamment).

Les données de l’entrepôt de données de santé seront mises à disposition pour des projets de recherche, sous réserve de validation par un comité éthique et scientifique, réunissant médecins, scientifiques, experts et représentants des patients. Cette instance permet de garantir une utilisation des données en stricte conformité avec la réglementation en vigueur et dans le respect des droits des patients.

L’EDS est un élément essentiel du renforcement de l’offre de services proposée par le CHU à ses chercheurs. Cet outil est en passe de devenir un standard dans un établissement de santé universitaire.

En fournissant un accès facilité et sécurisé aux données de santé, il permet aux chercheurs d’explorer de nouvelles pistes de recherche, d’identifier des tendances médicales importantes et de développer des solutions numériques innovantes pour l’amélioration des soins aux patients.

L’EDS est doté d’une équipe dédiée, associant des compétences en médecine, en informatique, en science de la donnée ainsi qu’en conduite de projets de recherche. Le CHU de Poitiers mettra en œuvre l’ensemble des actions de nature à pérenniser cet outil, notamment en soutenant les projets de recherche sur données en rapport avec les thématiques de recherche d’excellence du site.

Le projet de l’entrepôt de données de santé du CHU de Poitiers entre dans un projet plus global d’envergure régionale. En effet, le groupement de coopération sanitaire de Nouvelle-Aquitaine (GCS NOVA) qui rassemble les CHU de Poitiers, Bordeaux et Limoges, a été lauréat d’un appel à projet national pour la constitution des entrepôts de données de santé en 2023. Cet appel à projets « Accompagnement et soutien à la constitution d’entrepôts de données de santé hospitaliers » est financé à hauteur de 50 % par BpiFrance, dans le cadre du plan France 2030, et par l’Union européenne dans le cadre du plan France Relance. Le projet EDS est également particulièrement soutenu par la direction du CHU de Poitiers en prenant en charge la moitié restante du budget.

Avec le déploiement de l’entrepôt de données de santé autorisé par la CNIL, le CHU de Poitiers figure parmi les quelques établissements de santé de France qui mettent à disposition des chercheurs un accès facilité aux données de soins à des fins de recherche. Le CHU de Poitiers tient à remercier l’ensemble des patients car la richesse de leurs données va permettre de contribuer à faire progresser les connaissances en matière de prévention, de dépistage et de soins pour le bénéfice de tous.